外顯子組測序

外顯子組測序(exome-seq)是對定向富集的基因組DNA進行高通量測序,它能夠以相對低的費用對人類外顯子組進行拷問。2009年,外顯子組捕獲工具的出現,讓外顯子組測序這種技術迅速紅起來。到目前為止,已有超過1萬個外顯子組被測序。

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一、服務介紹

外顯子組測序(exome-seq)是對定向富集的基因組DNA進行高通量測序,它能夠以相對低的費用對人類外顯子組進行拷問。2009年,外顯子組捕獲工具的出現,讓外顯子組測序這種技術迅速紅起來。到目前為止,已有超過1萬個外顯子組被測序。

如今有多家公司推出了外顯子組捕獲試劑,包括羅氏NimbleGen、安捷倫、Illumina,還有最近的華大基因。這些方法究竟孰優孰劣,斯坦福大學醫學院遺傳學系的研究人員對市場上三個主流的外顯子組測序平臺進行了比較。該研究結果發表在《Nature Biotechnology》上。研究人員利用安捷倫、Illumina和NimbleGen的外顯子組測序平臺對同一個人類血液樣品進行分析。他們的結 果表明,NimbleGen平臺作為用高密度重疊探針的平臺,盡管覆蓋了較少的基因組區域,但在靈敏檢測小的變異時所需的測序量也少。在同樣獲得80M測序數據的情況下,NimbleGen有97%的目標序列達到10x以上的測序深度,而其他產品只有90%。而安捷倫和Illumina的探針能夠在低密度下捕獲更多數量的變異。此外,Illumina還捕獲了未翻譯的區域,這是NimbleGen和安捷倫平臺無法靶定的。研究人員還比較了同一樣品的外顯子組測序和全基因組測序(WGS),顯示外顯子組測序能夠檢測到WGS錯過的小變異。

除了文中提到了三個主流平臺,外顯子組捕獲方面的新產品也在不斷推出,研究人員的選擇也將更廣泛。羅氏NimbleGen即將推出新一代的外顯子液相捕獲產品。這一新產品將可捕獲64M的基因組序列,包括所有外顯子以及miRNA,它含與其他NimbleGen液相捕獲產品相同的2.1M高密度探針,以確保高效、均一、特異、全面的定向捕獲。

為了讓研究人員更輕松更經濟地利用定向外顯子組測序,Illumina提供了TruSeq Exome EnrichmentKit,一種溶液型的序列捕獲方法,利用雜交選擇分離出人類基因組中的目的外顯子區域。TruSeq Exome Enrichment Kit提供了迄今為止全面的外顯子組覆蓋度。

 

二、分析項目 

標準分析項目

1. 數據質控和篩選

2. 與參考基因組比對,得到測序深度Reads分布和覆蓋度統計

3.SNP、small Indel檢測

4.SNP、small Indel矯正

高級分析項目

  1. 可信位點篩選;

  2. 體細胞突變位點篩選(癌癥)

  3. 位點注釋(鄰近基因區域與功能注釋、鄰近結構域注釋、鄰近順勢調控區域注釋、編碼區內位點的變異類型;變異位點保守性檢測、變異位點風險評估)

  4. 數據集圖片類型統計(多樣本)

  5. 變異位點區域分布(多樣本)

  6. 高頻變異位點/基因統計(多樣本)

  7. GWAS分析(大樣本量)

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